Después una exitosa campaña, ascendió a Segunda División B, sin embargo, equipacion seleccion española en la temporada 1993/94 las premisas de confección de la plantilla no cambiaron demasiado y se volvió a descender a Tercera. En la temporada 1992/93, el C.A. Malagueño, presidido por Antonio Domínguez Martín y dirigido en el banquillo por Fernando Rosas, jugaba en Tercera división Grupo IX y mantenía la base de la plantilla de la temporada anterior. Después de dos temporadas en Segunda División B, en la temporada 1997/98 el Málaga CF pasa a manos del empresario Antonio Asensio Pizarro, propietario del Grupo Zeta, que traza un ambicioso plan de ascenso a Primera División en dos años y le confía la presidencia del club al que hasta entonces era vicepresidente, Fernando Puche.
